První písemná zmínka pochází z roku 1257, kdy Kaplice patřila pod správu premonstrátského kláštera v Milevsku. Koncem 13. století získali město páni z Pořešína, v roce 1382 pak Kaplice obdržela od Markvarta z Pořešína městské právo. Kolem roku 1434 získali panství Rožmberkové a po jejich vymření v roce 1612 Švamberkové. Po Bílé hoře v roce 1620 se stal majitelem Kaplice s celým panstvím novohradským a rožmberským Karel Bonaventura Buquoy.